南通区域档案主要有1949年至1983年中共南通地委、南通行署及其所属各部委办局等直属机构的档案。这部分档案南通县、如东县、如皋县、通如县、海安县、海门县、启东县以及1958年曾经的崇明县。实在忘记载了南通区域社会主义革命、社会主义建设的前史脚印，是收藏档案的一个组成部分，现有全宗116个，档案22801卷、15658件。是研讨南通区域前史的重要资料，是编史修志的第一手资料。
农村作业的专题查询、会议资料； 农副业出产、水利、分配、承包责任制、经营管理的指示、决议；
党史、档案、秘书、保密、 机要、共青团、妇女、科协等作业的指示、决议、定见。
